探偵部の部室に置いてあった特製松阪牛弁当が何者かに盗まれた事件。安見と小林の捜査の結果、転校生の篠崎文子の犯行ということが明らかに。顧問の大田先生にそそのかされ、探偵部の注目を引くために起こした事件だった。

昼休みの教室に何者かが超高級フランス料理をケータリングした事件。安見は、金田財閥の御曹司、金田満を疑うが探偵部の捜査の結果、クラス一の秀才、薄井幸代の犯行ということが明らかに。金にモノを言わせてまるで努力しない金田への怒りが原因の事件だった。

校門前の二宮金次郎像に何者かがブラを取り付けた事件。ブラには、トロロ学園の創設者、金甘利スギヨの財宝のありかとされる暗号が記されていた！探偵部の捜査の結果、暗号は図書室にある本の書き出しであるということが明らかに。図書委員の影本詠人が図書室の利用率を上げるために仕組んだものだった。

新校舎の男子トイレが何者かに石を入れられ逆流した事件。安見は実家がコンビニの波見馬郁子を疑うが、校内監視カメラを用いた探偵部の捜査の結果、草井ヨウイチの犯行ということが明らかに。背景には胃腸が弱いことが原因でいじめられたトラウマがあった。

突如、校門前に大規模な陥没が発生した事件。探偵部の捜査の結果、湯之谷先輩の犯行ということが明らかに。貧乏で毎日風呂に入れない妹のために温泉を掘ろうとしたのが原因であった。この事件を受けて、トロロ学園の校舎内に地域の人も利用できる温泉施設が建設されることに。

探偵部の部室にペットのタランチュラが侵入した事件。探偵部の捜査の結果、ボランティア部の部室から逃げ出したことが明らかに。ボランティア部の桐野さんが入院中の雲野さんに代わってタランチュラを飼育していたのだった。

ロボット部の開発した人型ドローンが何者かの妨害電波を受信して突如暴走した事件。探偵部の捜査の結果、ロボット部員たちの旧友である矢印が仕組んだことが明らかに。自分だけ入試に失敗したことを苦にした上での犯行であった。

部室にやってきた探偵部ＯＢ、銀田一の依頼を受けて、安見と明智が凶悪カルト集団『リア充死ね死ね団』への潜入捜査を行った事件。安見はオカマばかりの団員にタマタマを取られそうになるものの、偶然居合わせた一発屋俳優、池田免次郎の助けもあり、リア充死ね死ね団の壊滅に成功する。

理事長の不手際で留年の決まった三年の生徒会役員たちが時計台に立てこもった事件。生徒会役員たちは理事長の要請で出撃した自衛隊機を撃墜するなど激しい抵抗を見せるも、花咲の説得を受けて投降し海外の大学へ編入することに。なお、このとき探偵部全員の留年も決定した。

新入生勧誘のために安見が着たゆるキャラの剥離剤が何者かに盗まれた事件。探偵部の捜査の結果、アイドル推薦で入学した落田舞の仕業であることが明らかに。落田舞は犯行を認めるもトロロ学園からの逃走を図る。後を追う探偵部員たちの姿を見た野次馬たちも落田舞を追い、最終的に１００人を超える群衆が東京ビックサイトになだれ込むことに。東京ビックサイトのステージをジャックした落田舞は、群衆を前に誰もが予想もしなかった美声を震わせるのだった。