魔法少女アニメが大好きな小学四年生の女の子、日輪　みうはひょんなことから魔法の杖『グランパ』に出会うことで、魔法のある日常を謳歌する。
一方そのころ、世界の裏側で活躍するサイボーグ魔法少女たちが次々と失踪する不可解な事件が多発していた。これに対処すべく、サイボーグ魔法少女の一人、デストロイヤー篠崎　礼音は事件を追う。その先に待ち受ける巨悪が星をも滅ぼす存在であるとも露知らず……