探偵部の面々が都内のミステリー同好会のＮｏ.１を決める探偵甲子園に出演して奮闘する事件。ライバルの学校は、アルカシラインターナショナルスクール、火サス映画学院、こうなろ予備校といった風変わりな学校ばかり。探偵部の面々は、伊豆諸島沖の孤島からの脱出、米軍基地内への潜入という不可能に近い課題に挑戦しながらも優勝を果たすのであった。

トロロ学園の裏山にＵＦＯが墜落し、探偵部の面々が宇宙人の女の子ソフィアと遭遇する事件。ソフィアは母星アイオーンから移住する星を探している途中だった。ソフィアとは地球への移住を巡ってひと悶着起こるものの結局、アイオーン星人は地球で植物の姿になる第三形態でひっそりと生活することに。

夏合宿で関東の秘境グンマ―に向かった探偵部がリア充死ね死ね団の残党と戦う事件。グンマ―では、リア充死ね死ね団グンマ―支部のシンダーがシーネ奪還のための作戦を企んでいた。シンダーのアジトに乗り込む安見たちだったが、そこにシンダーの姿はなく、既に都内での野郎ゾンビ作戦を開始した後だった！安見達は野郎ゾンビのうごめくトロロ市内に潜入し、人質となっていた江来警察庁長官を解放した。

理事長が投資していたストリエ商事が破たんし、８０００億円の負債によりトロロ学園が廃校の危機に陥った事件。お別れパーティーの最中に、突如巨大不明生物が出現し、ネギトロ市内の債権者のビルを破壊したため、トロロ学園は廃校の危機を免れることに。